农药使用浓度过高，高温下用药，使用对棉花敏感的除草剂等，均能导致棉花药害。
棉田常见各类杂草有30多种。在棉花生产中，若使用除草剂不当常常会诱发药害，且药害症状常呈多变性和多样性，包括生长抑制，茎叶弯曲、扭曲、卷曲、节间缩短、叶片加厚、褪色、白化、枯斑及畸形等。如敌草隆被棉花吸收后，难以向上传导，若在棉花出现两片真叶时使用，则会使棉花的药害率达90%以上；扑草净药害后，会使棉花的嫩叶片褪色、失绿和枯萎。遭受氟乐灵药害后，可引发棉株第2、3片真叶皱缩、变小，药害严重的还会造成棉花子叶深绿，增厚变脆，茎基部增粗，植株变矮，甚至会造成生长点坏死，侧枝丛生。此外，棉花对2，4－D极为敏感，在生产中常因用过2，4－D的喷雾器未洗净又用于棉田喷药（或用2，4－D喷施其他作物时漂移到临近棉田）而造成药害，受害棉田表现为叶片变小、变窄、脉梗扭曲、皱缩、畸形，常呈鸡爪状。
药害的防治和救护措施：1、严格操作，有效预防。棉花在使用上述各类药剂时，必须严格按照操作规程合理用药（包括用药种类、浓度、方法和时间等），做到既能充分发挥药效又能降低成本，防止药害。2、及时“救护”，排除“险情”。药害发生后，可采用叶面喷大量水进行淋洗，土壤中可采用灌水，排水洗药，或安全剂中和解毒。喷过除草剂的药桶要专用或用肥皂水彻底清洗后才能在棉田使用，喷除草剂的时候要与相邻棉田预留50米～100米宽的不喷药安全区。